雲林縣政府工程採購竣工驗收作業程序於九十一年八月七日訂定，迄今修正三次。雲林縣政府為提升採購效率，簡化工程採購估驗付款及竣工驗收作業程序，加速付款流程，爰將名稱修正為「雲林縣政府工程採購估驗付款及竣工驗收作業程序」，並增訂第二章估驗付款之流程。修正要旨如下：
一、新增第二章：估驗付款，增訂估驗計價文件之作業程序及相關報表，並明訂甲方收到監造單位審查確認之估驗計價文件次日起十二工作日內完成書面審查作業，如審查結果確認符合契約規定，即可通知廠商開立請款單據，無須現場確認，並新增附件一。（修正規定第二點至第五點）
二、為提升行政效率，加速驗收流程，將辦理初驗之門檻由查核金額五分之一以上提高至查核金額以上；初驗程序將原則採全面檢查方式辦理及核對丈量結構物明視部分之高程…等予以刪除。(修正規定第十三點及第十四點)
三、為加速驗收流程，依政府採購法施行細則第九十一條之規定，由主驗人員主持驗收程序，決定抽驗內容。(修正規定第十八點)
四、章次變更（修正規定第三章至第九章）
五、點次變更（修正規定第六點至第四十二點）